Итак, поскольку многие интересуются этим вопросом, решил описать всё в деталях со скринами.
Добавление иконок к другим приложениям в Theme Studio v.1.2.1

1. Выбираем приложение, иконку которого будем заменять. Например stICQ.
   
2. Выясняем какой UID (Unique identifier number) у этого приложения.
   

   Для этого нам потребуется AppMan. Есть два пути выяснения UID:
   1) Запускаем stICQ, сворачиваем, заходим в AppMan, переходим на вкладку Running App, выделяем запущенную аську, заходим в Options->More->Applications info. В появившемся окне будет отображён UID приложения.
   
   2) Заходим в AppMan, переходим на вкладку Intalled App, находим в списке stICQ, далее заходим в Options->More->Applications info. В появившемся окне будет отображён UID приложения.
   
   Минус второго пункта заключается в том что в списке не отображаются некоторые приложения (например стандартный плеер).
   

3. Переходим в ThemeStudio. Добавляем информацию о приложении в проект темы Меню Theme->3rd Party Icons, вписываем UID, название приложения, ставим галки на Context Pane Icon (иконка для контекстной панели) и на Application Shell Icon (иконка в меню), ставим галки на добавленных элементах в общем списке, жмём ок.
   
4. Теперь все готово для добавления собственных иконок. Если всё сделано правильно то иконка stICQ будет добавлена в конец списка Context Pane Icon (Icons -> Application Icons -> Context Pane Icon) и Application Shell Icon (Icons -> Application Icons -> Application Shell Icon). Выделив добавленную иконку, во избежании некоторых глюков нажмите Clear, затем вставьте иконку и щелкните Save.
   

Маленькое дополнение в AppMan можно посмотреть UID приложений прошытих в телефон достаточно выставить в настройках вкладки Installed App Options->Setting->Show all apps

Один вопрос тока возник... в строке UID символ "х" чем писать? я писал русской и английской "х" но не получалось а так делал всё пошагово как описано

За описание спасибо.
английская x(маленькая) и Clear обязательно!

Хочу совместить значки из одной темы со всем остальным из другой. Подскажите плиз кто-нибудь, как это делается.

Все это делается в ручную. Достаются ресурсы из обоих тем и компануются как вздумается. Чтоб достать ресурсы, можно воспользоваться мбм тулом или просто открыть тему в тем студио и проследовать по пути "C:\Documents and Settings\'user'\Local Settings\Temp\'название темы'" - в этой папке будут лежать все файлы из SIS темы в bmp формате.

С помощью Theme Studio
1. Запускаете Theme studio
2. В правой колонке - вкладка Browser, выбираете нужную тему, открываете ее.
3. Меню Theme - New, задаете имя темы, components - as in theme, выбираете ту же тему, которую открывали.
4. Вкладка Gallery, смотрим на открытую ранее тему, теперь она доступна для редактирования, меню Theme - Edit
5. Нажимаем Theme -> Save as -> указываем имя (латинскими символами) и ок.
6. Закрываем Series60 Theme studio, на запрос о сохранении изменений жмём yes,.
7. Идём в папку Series60 theme Studio ( С:\Program Files\Theme Studio\data\skinsdir\), жмёте правой кнопкой мыши ->Упорядочить значки -> изменен . Затем выбираем самую последнюю папку, в ней и лежат распакованные значки.

MBM tool
1.С помощью программы UnMakeSIS 0.21.exe распаковываем тему.(она распаковываеться в той же директории где сама тема в папке system лежит файл mbm он нам и нужен)
2.С помощью MBMTool открываем файл с расширением mbm
3.Вверху жмем images-copy to directory и сохраняем.
4.Любуемся выдранными иконками

Выражаю благодарность форуму, за то что пояснили как поменять некоторые иконки, но я не как не смог найти, понять как поменять иконки папок (стандартных), мигающаю кнопку при блоке клавиатуры. Так же сразу бы хотелось узнать как изменить линию прогрессии, т.е. к примеру при установке приложений двигаеться линия прогресса установки (*по дефолту она идет синей) как ее поменять? Простите если такой вопрос уже был, если же он был, то я его не нашел.

Иконки папок - всё зависит от того в какой программе вы работаете, расскажу на примере
Series60 Theme Studio 1.2.1
03 Icons -> List Icons -> Other List Icons -> Application Folder
::
Кнопки анимации :
03 Icons -> Note icons -> Note Icons (Animated) -> в данном примере нам нужно : Keypad open Locked и Keypad open.
На примере одной иконкики Keypad open:
Должна быть включена опция Animate , находим кнопку (фрагмент видео ленты) Add new frame, нажимаем, рядом с основной иконкой (в анимированных идёт разбиение на две строки, верхние - основные, и нижняя - конкретно иконки одного анимированного значка. ) должен появится белый прямоугольник , кликаем на него, выплывает окно: Animation Frame Details , в нём, в поле Milleseconds задаём время показа данной иконки. Чем меньше - тем быстрей, чем больше - медленней. Выставляем время, и затем меняем значок. Он должен быть похожий на предыдущий, но чуть измённый, чтобы достичь эффекта анимации, и так делаете сколько вам необходимо.После нажимаете Animate и проверяете.
Полоса установки -> 06 THIS AND THAT -> WAIT /Progress Bar Indicators -> Wait Bar - аналогично созданию анимированной иконки(При желании или другого стиля можно(нужно) менять фреймы в : Progress Frames , Progress Bar Indicator )
П.С. Если будет непонятно, сделаю в картинках

а где можно найти эту программу? (Theme Studio v.1.2.1)